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基因表達序列標簽(EST)數據分析 共有 90 個詞條內容

2.3.2 Linux

    Linux是在個人計算機和工作站上使用的Unix操作系統,提供命令行或者程序與計算機硬件之間接口的軟件的核心部分。它于1991年10月5日由它的作者LinusTorvalds在赫爾辛基大學發布。Linux之所以受到廣大計算機愛好者的喜愛,究其原因:一是...[繼續閱讀]

基因表達序列標簽(EST)數據分析

2.3.3 Linux與MS-DOS及Windows系統的比較

    DOS在PC機上普及最廣,價格很低。Linux是免費軟件,不用考慮價格。它的部分命令與MS-DOS相同或相似,如cd(..)-cd(..)、telnet-telnet。Linux可以充分發揮微處理器的功能,其多用戶、多任務、網絡等功能是MS-DOS所不能比的。Linux與Windows都是多任...[繼續閱讀]

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2.3.4 建立Linux工作站

    2.3.4.1系統需求不同RedHatLinux版本,對系統的需求不同。以RedHatLinux7.1為例,安裝的基本要求如下:486或者以上的CPU;256MB或者以上的內存;最少300MB的硬盤空間,如果希望完全安裝,需要1GB以上的硬盤空間。2.3.4.2對硬盤進行分區分區就是把計算...[繼續閱讀]

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2.3.5 在Linux系統下工作

    2.3.5.1啟動和退出啟動(登陸到服務器):方法1:打開“開始”→“運行”,鍵入cmd后,在跳出的窗口中鍵入“telnet+服務器IP地址?!钡顷懙椒掌骱?鍵入用戶名和密碼。(只能使用文字界面)方法2:用Windows下的X-server軟件(如:X-win等)登陸到服...[繼續閱讀]

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2.4.1 BLAST(basic local alignment search tool)

    BLAST為基本的局部聯配搜索工具,它是大多數在線序列搜索服務器的核心算法。NCBI提供了BLAST在線服務,可以直接在網上遞交一段核苷酸或氨基酸序列與NCBI的數據庫比對,用戶將得到反饋的結果。NCBI的數據庫和BLAST軟件也提供下載(ftp...[繼續閱讀]

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2.4.2 ClustalW

    ClustalW是一個免費的、使用廣泛的DNA和蛋白質多序列聯配工具,其結果可以進一步用于系統發育樹構建與分析。最新版本的ClustalW可以從ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/下載,其中有一個CLUSTALW1.83.DOS.zip的壓縮文件,解壓后有兩個可執行...[繼續閱讀]

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2.4.3 InterProScan

    InterPro的數據庫整合了PROSITE,PRINTS,Pfam,ProDom,SMART,TIGRFAMs等數據庫的信息,包含了蛋白質的功能描述和文獻參考,以及與相關數據庫的鏈接。還提供了簡明的文字和序列搜索界面,對未知的序列給出綜合的功能注釋,如所在的基因家族、功能...[繼續閱讀]

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2.4.4 perl(practical extraction and report language)

    2.4.4.1概述perl是一種通用編程語言。凡是其他編程語言能夠使用的地方,都有它的用武之地,它能將許多元素連接在一起,因而被稱為是一種“膠水語言”。perl還能執行許多有用的、復雜的程序任務。編程樣式靈活,做之前無需事先聲明...[繼續閱讀]

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2.4.5 Linux系統軟件安裝總結

    先來看看Linux軟件擴展名,軟件后綴.rpm最初是RedHatLinux提供的一種包封裝格式,現在許多Linux發行版本都使用;后綴.deb是DebainLinux提供的一種包封裝格式;后綴.tar.gz、tar.Z、tar.bz2或.tgz是使用Unix系統打包工具tar打包的;后綴.bin的通常是一些...[繼續閱讀]

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2.5 參考文獻

    1.CynthiaG,PerJambeck.DevelopingBioinformaticsComputerSkills.OReilly&Associates2.WelshM,KaufmanL.RunningLinux.OReilly&Associates3.PeekJ,TodinoG,StrangJ.LearningtheUnixOperationSystem.OReilly&Associates4.王建橋等譯.Linux24小時教程.北京:機械工業出版社,20025.胡松年,薛...[繼續閱讀]

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