ClustalW輸入文件的格式對于ClustalW1.8版,要求輸入的文件格式為七種格式之一,分別是:FASTA,NBRF,EMBL/SWISS,GDEprotein,GDEnucleotide,CLUSTAL或GCG/MSF。ClustalW對輸入的多個序列必須要求在一個文件里,對于大量的數據可以在UNIX操作系統下用catfilel.s...[繼續閱讀]

    先打開ClustalW.exe文件,進入下面的命令行格式(如圖4.1)。選項1是要輸入一個多序列的文件,選項2是對內存中已有的多序列文件聯配,選項3是對已有的一個多序列聯配的結果和另外一個多序列聯配結果或者序列文件進行聯配,選項4是對多...[繼續閱讀]

    1.DavidWM.Bioinformatics—sequenceandGenomeAnalysis.NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,20012.http://www.no.embnet.org/Programs/EAL/clustalw/index.php33.http://newfish.mbl.edu/Course/Software/FileFormats/4.http://www.es.embnet.org/cgi-bin/clustal.cgi5....[繼續閱讀]

    1.Phred簡介phred采用快速傅利葉變換(fastFouriertransform)分析技術,從DNA測序所得到的圖形數據中提取DNA堿基排列順序信息(即Base-Calling)。Phred對序列中的每個數據產生一個被廣泛接受的帶有質量控制標準(qualityscores)的“BaseCall”。Phred質量...[繼續閱讀]

    1.Phd2fasta簡介·phd2fasta從phd文件中讀取序列及質量值·phd2fasta命令及操作:phd2fasta-id<dir_name>-os<output-seq>-oq<output_seq_qual>參數設置-id<dir_name>:讀取并處理由<dir_name>指定的目錄中的所有文件-os<output_seq>:為輸出序列...[繼續閱讀]

    1.Cross_match簡介這是一個載體標記軟件,利用Swat算法(Smith-Watermanalgorithm)實現序列的比較,通過序列文件與載體序列庫比對尋找載體序列(如pUC18),將其屏蔽,不參與拼接,從而提高拼接的質量。Cross_match及其相關文檔可從以下網站下載:http...[繼續閱讀]

    這也是一個基于Swat算法實現序列比較的軟件。Phrap是目前比較成功的拼接軟件,有較高的精確度,它通過尋找序列間的重疊(overlap)部分,將高質量嵌合匹配的片段拼接成contig序列,最后生成完整的DNA序列。該程序能夠提供與拼接相關的其...[繼續閱讀]

    數據準備在edit_dir目錄下有兩個文件:lesson.seq.screen是序列文件,共有23條序列;lesson.seq.screen.qual是序列質量文件,共有23條序列的質量。運行phrap在當前目錄下輸入:phraplesson.seq.screen-view-new_ace>phrap.out運行結果新生成的結果文件lesson.se...[繼續閱讀]

    Consed是圖形化軟件,可用于進一步分析phrap拼接的結果,檢查phrap拼接中的錯誤,從而提高拼接結果的質量。Consed中的autofinish也可用于引物設計。Consed程序的詳情介紹“CONSED12.0DOCUMENTATION”可從下面網站上獲取:http://www.phrap.org/consed/dist...[繼續閱讀]

    數據準備Consed實習數據來自phrap的拼接結果。首先要在用戶目錄下建立3個目錄edit_dir、phd_dir、chromat_dir。其中edit_dir目錄包括phrap拼接產生的:lesson.seq.screen.contigslesson.seq.screen.contigs.quallesson.seq.screen.singletslesson.seq.screen.ace以及原來的序...[繼續閱讀]