1.基因組及基因組重測序基因組是一個細胞或者生物體所攜帶的一套完整的單倍體序列,包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA 分子。核基因組是單倍體細胞核內的全部DNA 分子,線粒體基因組是一個線粒體所包含的全部DNA 分子,葉綠...[繼續閱讀]

    1.ChIP-Seq研究蛋白質與DNA 互作的主要技術是染色質免疫共沉淀技術(chromatin immunoprecipitation,ChIP),也稱結合位點分析法。該技術通常用于轉錄因子結合位點或者組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP 與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq 技術...[繼續閱讀]

    1.MeDIP-Seq MeDIP-Seq(methylated DNA immunoprecipitation sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀測序,是基于免疫富集原理進行的全基因組DNA 甲基化研究方法,它是通過5′-甲基胞嘧啶(5mC)抗體將基因組中的DNA 甲基化區域富集后進行二代高通量測序,從而...[繼續閱讀]

    1.蛋白質序列測定測定蛋白質序列,常用的是蛋白質譜技術。簡單來說,蛋白質譜技術就是一種將質譜儀用于研究蛋白質的技術。目前,它的基本原理是蛋白質經過蛋白酶的酶切消化后形成肽段混合物,在質譜儀中肽段混合物電離形成帶...[繼續閱讀]

    在蛋白質結構數據中,接近90%的蛋白質結構是用X 射線晶體衍射學的方法測定的。大約9%的已知蛋白質結構是通過核磁共振技術來測定的。1.X 射線晶體衍射X 射線晶體衍射可以利用電子對X 射線的散射作用,獲得晶體中電子密度的分布情...[繼續閱讀]

    1.生物信息的類型有哪些?2.第二代測序有哪些主流的測序技術? 簡述這些測序技術的原理。3.第二代測序技術相比于第一代Sanger 測序技術有何不同?4.第三代測序技術有哪些?5.什么是基因組重測序、轉錄組測序和小RNA 測序?6.檢測蛋白質...[繼續閱讀]

    表1-2.1　分子生物信息數據庫總表分子生物信息數據庫是生命科學數據信息庫的集合,種類繁多(表1-2.1),主要有基因組、核酸和蛋白質三類一級數據庫,生物大分子三維空間結構數據庫,以及以上述三類一級數據庫和文獻為基礎的二級數...[繼續閱讀]

    所謂格式是對信息描述的統一規范,規范的格式為數據的收集、整理、交流和應用提供了方便。分子生物信息數據庫的格式很多,較為常見的包括FASTA、FASTQ、GBFF、GFF 格式,下面主要對這幾種格式進行介紹。FASTA 格式主要分兩部分(圖...[繼續閱讀]

    1.數據庫的冗余在進行DNA 和蛋白質序列分析時,碰到的一個棘手問題是數據庫的冗余(redundancy)。DNA 和蛋白質數據庫中的很多記錄是屬于同一基因和蛋白質家族,或在不同生物體上發現的同源基因。不同的研究機構可能向數據庫遞交了...[繼續閱讀]

    DNA/RNA 序列構成了一級數據庫的主體部分。目前,國際上有三個主要核苷酸序列公共數據庫(表1-2.4):位于英國劍橋的歐洲分子生物學實驗室(EMBL)下的歐洲核苷酸檔案庫(European Nucleotide Archive,ENA);位于美國國家衛生研究院(NIH)的美國國家生...[繼續閱讀]