Needleman-Wunsch 算法是一種全局聯配算法,它從整體上分析兩個序列的關系,即考慮序列總長的整體比較,用類似于使整體相似(global similarity)最大化的方式,對序列進行聯配。兩個不等長序列的聯配分析必須考慮在一個序列中一些堿基的刪...[繼續閱讀]

    Smith-Waterman 算法是在Needleman-Wunsch 算法基礎上發展而來的,它是一種局部聯配算法。由于親緣關系較遠的蛋白質序列可能只有一些相互獨立的保守片段,所以進行局部相似性分析有時可能比整體相似性分析更合理。Smith 和Waterman(1981)提...[繼續閱讀]

    BLAST 算法同樣是利用動態規劃算法,與Smith-Waterman 算法類似,其不同之處是引入了所謂“字”或“字符串”(word 或K-tuple,K-mer 等)的檢索技術。所有序列其實都是由若干字符串組成,例如我們以3個堿基長度的字符串為例,下列DNA 序列包括...[繼續閱讀]

    采用BLAST 的基本算法目前形成了若干不同的工具,分別用于特定序列數據庫和特定目的的序列搜索。以NCBI 提供的在線序列數據庫搜索工具BLAST(2014年12月)為例(圖1-3.4),BLASTN 是對核苷酸遞交序列庫搜索核苷酸序列數據庫,BLASTP 是在蛋白...[繼續閱讀]

    BLAST 搜索返回的結果中,提供了遞交序列與數據庫中序列比對結果的得分(score)和一個統計測驗結果(E-value)。到目前為止,對局部聯配的統計學問題已基本搞清楚,特別是那些不含空位的局部聯配更是如此。我們不妨首先考慮不含空位的...[繼續閱讀]

    1.目前計分矩陣主要有哪些? 比較它們的異同。2.請利用動態規劃Needleman-Wunsch 算法對下列兩條蛋白質序列進行全局聯配,獲得最優聯配結果:　　P1=AGWGAHEA　　P2=PAWHEAEAG計分系統:計分矩陣BLOSUM50,空位罰8分。表1-3.7　BLOSUM50(部分)3.數據庫...[繼續閱讀]

    許多生物學研究都涉及多條序列甚至幾十上百條序列的比較,因此多序列聯配是生物信息學的一個重要課題。通過多序列聯配結果,我們可以確定這些序列的親緣關系,通過序列保守性判斷功能域或功能位點等。多序列聯配同樣包括全...[繼續閱讀]

    多序列全局聯配算法目前主要是以Clustal 算法為代表的漸進式全局聯配方法。漸進式全局聯配算法是20世紀80年代發展起來的(Waterman 和Perlwitz,1984; Feng 和Doolittle,1987),其中以軟件工具Clustal 算法最為成功。下面就重點介紹Clustal 算法。...[繼續閱讀]

    具有相同功能的基因往往在序列上存在局部相似性或保守性,這些保守性與相應功能和選擇壓等有關(詳見下節)。圖1-4.3列舉了一個多序列局部保守性。生物信息學的一個重要任務是找到這些保守序列。圖1-4.3　多序列局部保守性舉例...[繼續閱讀]

    蛋白質功能域(domain)的概念最早由Wetlaufer(1973)在研究蛋白質結構時提出。蛋白質功能域一般是指一條蛋白質序列中一段保守的區域,該區域能夠獨立行使功能、進化等。在蛋白質結構中,功能域是指一個蛋白質結構的一部分,它能形成一...[繼續閱讀]